义军一路无阻，取得长安，这自然是好事，但经过的重要地方像东都洛阳那样的大城，也不留兵防守，数十万人全部进入长安，实际是全部陷入袋中。
880年，黄巢进入长安，正式入主太清宫，改国号为大齐。但他并不能从此高枕无忧，唐僖宗李儇逃到成都（今四川成都），再度搬动沙陀军。李国昌的儿子李克用出兵勤王，而新兴的大齐政权内部也产生了分化。
同州防御使朱温与唐朝河中节度使王重荣隔河对峙，因兵少粮缺，几次战败，不得不向黄巢求救，黄巢却听人诬陷，认为其想拥兵自重，有二心，不予救援。朱温为了生存，在部下的鼓动下投降唐军。唐僖宗大喜过望，任其为宣武（汴州，今河南开封）节度使。883年，在沙陀军和勤王军的夹攻下，黄巢无法抵挡，只得退出长安，突围后向南转移，然后又奔向河南。884年，黄巢逃亡至狼虎谷（今山东莱芜西南），为部下所杀（一说自刎而死）。
义军开始时必须流动攻击敌人，政府的统治区空隙是到处存在的。但在流动作战中，义军统帅必须逐渐建立起军事纪律，学会正式的攻守战。只有能攻能守，才能取得立足地，逐个消灭敌人。
黄巢率领的民变军，始终是流动行军，不守城，也不打硬仗，更不知做些政治措施，单凭兵多（入关时号称60万），以声势取胜，决不能持久。民变军入河南境特别是取得东都以后，有力量占领河南州县，消灭唐河南诸镇，建立起以东都为中心的立足地。如果整顿军队，发布政令，收揽民心，然后入关灭唐帝国中央政府，不过数年，民变军就很有可能取得胜利。