令人遗憾的是，东林党人当政期间，其所作所为，与他们在野时的政治理想相去甚远。概括起来，东林党人当政的短短两年时间里，只做了三件事。这三件事，除了任用孙承宗督师山海关，从而使孙积极支持袁崇焕守宁远，客观上延缓了清军入关外，另外两件事均使东林党人和他们曾经尖锐批评过的其他政治利益团体一样，陷入了党派之争的泥沼却乐此不疲。其一，搜举遗逸，布之庶位。即大量起用和提拔自己人。高攀龙、左光斗、魏大中、郑三俊、李邦华、王之寀等东林人士要么重登政坛，要么提拔重用。其二，在发展己方小团体力量的同时，排斥异己，打击宿敌齐党、楚党、浙党。京察是明代每年一次的对所有官员的考核，由吏部牵头实施，而当时身居吏部尚书要职的是东林党人赵南星。利用这一难得的机会，东林党人对与本党有隙的其他团体，或是仅仅因为没与东林党保持一致的中立官员打击报复，一大批非东林党官员纷纷遭到严厉程度不一的处分。往轻里说，东林党这是排斥异己；往重里说，无疑于利用公权合法地伤害政敌。然而令人侧目的是，这种显而易见的非正当行径，却被东林党上下视若当然——在一大批相对正直的东林党领袖眼里，似乎只要目标是高尚的，则实现目标的手段就可以不加选择。