维吾尔族是世居我国新疆地区天山南路的一个少数民族。清初，准部贵族称雄西北，维吾尔族广大人民和其他西北各部一样处于准部贵族的统治之下。维吾尔族人民要向准部贵族交纳为数甚巨的各种贡赋，他们的宗教首领阿布都什特、玛罕木特及其二子波罗尼都、霍集占兄弟，还相继被噶尔丹、策妄阿拉布坦、噶尔丹策零等长期拘禁于伊犁。阿睦尔撒纳发动叛乱期间，为了争取维吾尔族贵族的支持，对其政策有所改变。他释放波罗尼都返回维吾尔族本部，还诱使留居伊犁的霍集占兄弟率领准噶尔本部的回教徒也参加了叛乱。清政府平定阿睦尔撒纳武装叛乱的胜利，使广大维吾尔族人民最终摆脱了准部贵族的统治和压迫，在乾隆帝派遣使者商讨和平统一南疆的问题时，包括波罗尼都在内的许多维吾尔族有识之士都表示：“安集回地各城人民，听候大皇帝谕旨。”这反映了维吾尔族人民的共同愿望。然而，刚从伊犁逃归的霍集占兄弟却妄图借此实现其割据的野心，在他的唆使下，前来商议和平统一事宜的清朝使臣被杀害，南疆形势急转直下，一场新的武装叛乱又爆发了，史称大小和卓叛乱——其中“大和卓”即波罗尼都，他虽以为清廷“恩不可负”，但却仍参加了叛乱；“小和卓”即霍集占。
乾隆二十三年（1758年），弘历派遣靖逆将军雅尔哈善等率满汉官军，由吐鲁番进攻维吾尔部北方门户库车，并在大败霍集占援军之后攻克该城。不久，又派遣战功卓著的将军兆惠率军挺进南疆，攻打叛军的主要据点叶尔羌城。乾隆二十四年（1759年）春，定边右副将军富德又率军南下，清军遂分两路进攻叛军据点叶尔羌、喀尔喀什两城，在清军的强大攻势下，霍集占兄弟率领残部突围而出，西逃至巴达克山，被当地首领擒杀。大小和卓木掀起的武装叛乱最后被平定下去。