但刘亚楼很快就有了困惑。1961年4月30日上午，刘亚楼列席了林彪主持的军委常委会议。在讨论《合成军队战斗条例概则》（草案）时，罗荣桓明确提出：“带着问题学毛选，这句话要考虑，这句话有毛病。”
“带着问题学毛选”，这是林彪别出心裁提出来的。
林彪听了，一脸不高兴，立即反问道：“那你说应该怎么学呀？”
罗荣桓坦率地说：“应当是学习毛主席著作的精神实质。‘带着问题学’，这句话改掉为好。”
林彪听了，半晌不吭声，见没有人发言支持他，只好言不由衷地表示：“不好，就去掉嘛。”
罗荣桓又补充说：“还是去掉好。学习毛主席著作一定要从根本上学，融会贯通，要学习立场、观点、方法，紧密联系实际。”
还没等罗荣桓说完，林彪便粗暴地打断了他的话，宣布散会，接着气冲冲地拂袖而去。
刘亚楼对林彪的突然发作，很不理解。
回家后，刘亚楼心情十分不好，他试图给林、罗作调和。但叶群开始在公开场合说：“什么林、罗、林、罗要分开，林、罗从来不是一起的！”
1963年新华社要公布军队领导人的名单，林彪不同意公布罗荣桓总政治部主任的任命，刘亚楼对此十分感慨。其间，他几次去看望罗荣桓，罗荣桓和他作了促膝谈心。9月28日，罗荣桓因病情严重住进北京医院，刘亚楼多次前往探望。12月16日，罗荣桓逝世。